内部控制环境作为企业内部控制的重要组成部分，体现了企业发展战略和管理者的经营理念，是指导企业生产运营活动的内在驱动力。在内部控制环境的构成要素中，企业组织架构的调整与完善，将直接影响战略发展规划、人力资源配置以及企业文化形成，从而影响企业内部控制流程在设计和实施过程中存在明显差异，从这个角度分析，可将企业组织架构视为内部控制环境的基础。
（一）关于企业组织架构的理解
企业的组织架构由内部治理结构和内部组织结构两部分组成。其中，鉴于治理结构对企业营运产生的影响具有间接性特征且难以量化和准确评估，可将其视为组织架构体系中的非实体因素。从影响机理角度分析，健全的治理架构对公司经营产生促进作用的时效性，慢于不健全治理架构对公司经营产生阻碍作用的时效性。即一套完善的治理结构，有助于促进企业在较长时间内循序渐进地提升运营能力和效率；而一套存在风险和漏洞的治理结构，则很有可能在短时间内直接导致企业经营失败。企业的内部组织结构，是企业组织架构体系中的实体因素，对企业的运营效率和风险控制产生直接影响。
（二）企业组织架构设计原则
企业组织架构的设计应当包括两个方面的内容，一是从风险控制角度人手，优化企业的治理结构，设计管理层的权责分配与制约机制；二是从提高工作效率角度人手，调整企业内部组织结构。虽然企业之间的组织架构不尽相同，但在进行组织架构内部控制流程设计时，应遵循以下主要原则：
1.遵循法律法规原则。企业组织架构的设计，尤其是企业治理结构的设计，必须以遵循相关法律法规为前提，在此基础上明确董事会、监事会和经理层的职责权限和工作程序，确保企业决策权、监督权和执行权之间实质独立，相互制衡。
2.符合发展目标原则。通常情况下，企业的生产运营过程，是一个不断实现短期经营目标和逐步接近长期战略目标的动态过程，由于企业的战略目标侧重于宏观范畴，在较长的时间内保持相对稳定，而企业的短期经营目标则会随时调整和变化，这就要求企业的组织架构体系须以符合企业的长期战略目标为导向，同时满足当前和短期生产经营目标的要求。
3.合理性原则。企业组织架构的合理性主要体现在以下三个方面，一是应具备透明性。国内外企业的管理实践证明，企业组织架构是否公开透明，很大程度上决定着企业治理架构的被认可程度。因此，在设计组织架构时，应减少主观随意性，杜绝暗箱操作；二是应体现制衡性。组织架构的实质是将企业的“三权”（管理权、监督权和执行权）在不同的管理层级间进行分配，分配是否合理，是否能够形成有效的约束制衡机制，是组织架构设计的关键所在；三是应精简高效。企业的组织架构并非越庞大越好，而应做到轻重有别、有的放矢，将重心放在影响企业生产经营的关键环节和重大风险上，而非在所有环节上均匀施力。
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